Stjórn MS Setursins skipa frá árinu 2023:
Formaður: Friðbjörn Berg
Ritari: Sigurbjörg Ármannsdóttir
Meðstjórnendur: Björg Ásta Þórðardóttir og Belinda Chennery.
Varamenn: Heiða Björg Hilmisdóttir og Valdimar Leó Friðriksson.
Forstöðumaður er í forsvari fyrir stofnunina. Hefur umsjón með fjármálum stofnunnarinnar og rekstri. Forstöðumaður ásamt starfsfólki skipuleggur og samhæfir þá starfsemi sem fram fer í MS Setrinu.
Forstöðumaður MS Setursins er Ingibjörg Ólafsdóttir, hjúkrunarfræðingur.