Stjórn MS Setursins skipa frá árinu 2021:
Formaður er Friðbjörn Berg, María Þorsteinsdóttir er ritari, Sigurbjörg Ármannsdóttir og Björg Ásta Þórðardóttir meðstjórnendur. Varamenn eru tveir: Heiða Björg Hilmisdóttir og Belinda Chennery.
Forstöðumaður er í forsvari fyrir stofnunina. Hefur umsjón með fjármálum stofnunnarinnar og rekstri. Forstöðumaður ásamt starfsfólki skipuleggur og samhæfir þá starfsemi sem fram fer í MS Setrinu.
Forstöðumaður MS Setursins er Ingibjörg Óalfsdóttir, hjúkrunarfræðingur.